Ústav je právním nástupcem státní příspěvkové organizace Výzkumného ústavu meliorací a ochrany půdy Praha, zřízené Ministerstvem zemědělství v prosinci roku 1991. Jejím předchůdcem byl Výzkumný ústav zemědělsko-lesnických meliorací se sídlem v Praze, který vznikl 1. ledna 1954. Od roku 1962 vyvíjel svou činnost pod názvem Výzkumný ústav meliorací Zbraslav. V roce 1977 převzal řešení lukařsko pastvinářské problematiky. Na počátku roku 1981 byla do něj začleněna složka pedologická - odbor půdoznalství Výzkumného ústavu rostlinné výroby Praha‑Ruzyně a Ústav pro zemědělský průzkum půd Praha‑Suchdol. Od tohoto roku do roku 1990 ústav nesl název Výzkumný ústav pro zúrodnění zemědělských půd Praha, od počátku roku 1991 byl  název ústavu změněn na Výzkumný ústav meliorací a ochrany půdy Praha. V roce 1993 byla do ústavu začleněna i problematika závlah.

Meliorační větev ústavu navázala v historickém vývoji na činnost Technické kanceláře zemědělské rady pro Království české, založené v roce 1883, a na činnost Svazu zemědělských a lesnických ústavů. Půdoznalecká větev má své počátky v roce 1919 v rámci Státních výzkumných ústavů zemědělských–Ústavů agropedologických, průzkumná složka vyšla z činnosti Delimitační skupiny, založené v roce 1955 vyčleněním z původního Výzkumného ústavu zemědělsko-lesnických meliorací.

Ústavu při jeho založení v roce 1954 byl vytýčen výhledový plán činnosti a rozvoje, zahrnující oblast zlepšení vodních zásob a zvyšování sklizní vlivem lesních porostů, výzkum rašeliny a rašelinišť pro jejich využití v zemědělství a lesnictví, zvyšování úrodnosti půd ochranou proti vodní a větrné erozi, výzkum zvyšování výnosů závlahou a výzkum meliorací máloplodých zemědělských a lesních půd. Byl zařazen i výzkum delimitace půdního fondu. Následně převzal úkoly se zaměřením na rekultivace hald, na meliorační opatření k zlepšení luk a pastvin, využití větrné energie v  zemědělství a na využití radioizotopových metod v hydropedologickém výzkumu.

Těžiště výzkumu v šedesátých letech bylo zaměřeno na sledování a úpravu vodního režimu půd s  užitím poznatků o vhodnosti krtčí a křížové drenáže, o mechanizačních prostředcích údržby melioračních kanálů, ekonomické efektivnosti meliorací, technologiích meliorací lesních půd, melioracích a rekultivacích luk a pastvin zejména v horských a podhorských oblastech a využití hnojivých závlah. Byl rozšířen výzkum v oblasti rašelinišť a rašelin, agromeliorací a zúrodňování deficitních půd, využití odpadů k zúrodnění půd a stanovení limitů cizorodých látek, rekultivací devastovaných půd po těžbě uhlí a stanovení rekultivačních postupů pro začlenění těchto ploch do krajiny. Byl zkoumán účinek přirozených a umělých sorbentů k zúrodnění písčitých a vylehčování těžkých půd, včetně využití popílku. Experimentálním výzkumem byly vymezeny oblasti ohrožované větrnou erozí.

Sedmdesátá léta minulého století přenesla zájem do oblasti ochrany půdy a vody, zejména v souvislosti s výstavbou vodárenských nádrží, s výzkumem zaměřeným na plošné zemědělské znečištění, dusičnany v drenážních vodách a transport erozních smyvů v povrchových vodách. Výzkum přinesl poznatky z hlediska efektivnosti zemědělských a lesnických rekultivací, opatření navrhovaných k zúrodnění deficitních půd a náhrad tenčících se těžitelných zásob rašeliny. Byla hodnocena funkce lučního drnu jako vegetační bariéry a pokračoval vývoj mechanizmů k údržbě melioračních odpadů a toků, včetně údržby břehových porostů

V samém počátku osmdesátých let bylo provedeno sloučení pedologické a průzkumné složky s  ústavem do jednoho celku. Posláním sloučeného ústavu bylo poznávání činitelů úrodnosti půd, řešení prostředků k jejich melioraci a řešení transformačních a migračních procesů v půdě a funkce jejích jednotlivých složek. Výzkum byl mj. zaměřen na řešení otázek spojených s vodní a větrnou erozí a jejím měřením, na problematiku malých vodních nádrží při zlepšování kvality vody, technologických linek údržby koryt a břehů a na šetření vlivu zemědělského hospodaření na kvalitu vod v povodích nově postavených vodárenských nádrží.

Období počátku devadesátých lét přineslo hledání nových přístupů k řešení vědeckých problémů i potřebu vyrovnání se ze změnou zadávání a výběru výzkumných projektů i způsobu financování. Pro první polovinu tohoto období bylo významné získání a řešení komplexního projektu Minimalizace obsahu nežádoucích látek v systémech půda-voda-rostlina-produkt v rámci programu Ministerstva hospodářství Zdravá výživa; cílem řešení byla detekce obsahu nežádoucích látek, příčiny kontaminace, stanovení limitů, omezení transportu z půdy a vody do konečného produktu, prevenční a asanační opatření, alternativní způsoby zhodnocení rostlinné produkce, minimalizace vstupů do potravního řetězce. Následně řešení projektů, získaných ve veřejných soutěžích, v rámci programů výzkumu Ministerstva zemědělství, grantů podporovaných Grantovou agenturou České republiky a v závěru zahájení řešení prvého výzkumného záměru ústavu.