| Oddělení | Báze a laboratoře |
|---|---|
| Oddělení Kancelář ústavu Vedoucí: Ing. Jiří Hladík , Ph.D. | |
| Oddělení Centrální laboratoře Vedoucí: Ing. Hana Macurová | |
| Náměstek pro výzkum a vývoj Vedoucí: Doc. Ing. Radim Vácha , Ph.D. | |
| Oddělení Hydrologie a ochrana vod Vedoucí: RNDr. Pavel Novák | |
| Oddělení Pedologie a ochrana půdy Vedoucí: Ing. Jan Vopravil , Ph.D. | |
| Oddělení Hygiena půd Vedoucí: Ing. Jarmila Čechmánková | |
| Oddělení Pozemkové úpravy a využití krajiny Vedoucí: Ing. Jana Podhrázská , Ph.D. | |
| Oddělení Ekonomická a vnitřní správa Vedoucí: Ing. Pavel Carboch | |
| Oddělení Půdní služba Vedoucí: Ing. Ivan Novotný | |
| průzkumná báze 4110 půdního mapování a bonitace Praha Vedoucí: Ing. Miroslav Poruba |
|
| průzkumná báze 4120 půdního mapování a bonitace České Budějovice Vedoucí: Ing. Jan Huml |
|
| průzkumná báze 4130 půdního mapování a bonitace Brno Vedoucí: Ing. Radim Czelis |
|
| laboratoř SOWAC GIS Praha Vedoucí: Ing. Vladimír Papaj , Ph.D. |
|
| laboratoř BIS Brno Vedoucí: Aleš Sekanina |